Juan Ángel Napout, hijo de Miguel Ángel Napout (originario de Fulgencio Yegros) y Teresa Barreto (nativa de Caazapá), contrajo matrimonio en 1985 con Karin Forster, con quien tiene cuatro hijos: Andrea Teresa, Verónica Edith, Paulina Virginia y Juan Ángel Junior.

Posteriormente, fue vicepresidente del Club Cerro Porteño (1988-1989) y, en 1989, asumió la presidencia del club, bajo cuyo liderazgo el equipo ganó el Campeonato Paraguayo de Fútbol de 1990.

En 1992, participó como parte del equipo que obtuvo el campeonato del Preolímpico Sufaericano Sub-23 y acompañó al seleccionado en los Juegos Olímpicos de Barcelona como jefe de delegación.

Ese mismo año, asumió como director del Departamento de Selecciones Nacionales, cargo que desempeñó hasta 1993.

[3]​ A nivel internacional, inició su participación en la Conmebol como miembro del Departamento de Relaciones Públicas.

De 1996 a 1999, fue miembro del Comité Olímpico Paraguayo.

[3]​ Asistió a la Copa Mundial de la FIFA 1998 como jefe de delegación y coordinó a la selección paraguaya durante la Copa América 1999 en Paraguay.

[15]​ Estados Unidos pidió su extradición para interrogarlo junto al presidente de la Concacaf, Alfredo Hawit.

[17]​ El 15 de diciembre, Napout fue extraditado a Estados Unidos, en donde se presentó ante la Justicia federal de Nueva York declarándose "no culpable".