La isla fue avistada por el navegante al servicio de España Cristóbal Colón y su tripulación en el año 1493.

Su nombre proviene del corsario neerlandés Joost van Dyk, quien usó sus puertos como escondite.

[1]​ En torno a estas tres áreas se han desarrollado todas las actividades turísticas que representan el principal recurso económico del territorio.

[1]​ La temperatura diurna varía en promedio durante el año entre 24 y 29 grados, mitigada por la presencia de vientos provenientes del mar.

[1]​ A lo largo de los años, Jost Van Dyke se ha visto afectado por numerosas tormentas tropicales.

Aunque los ingleses capturaron las Islas Vírgenes Británicas en 1672, parece que Jost Van Dyke fue ignorado en su mayoría hasta mediados del siglo XVIII.

Pequeños veleros construidos localmente, el "Tortola Boat", floreció en las Islas Vírgenes Británicas hasta aproximadamente la década de 1960, cuando fueron reemplazados por embarcaciones motorizadas.

Los residentes usaron una motosierra recuperada para despejar caminos y conectar partes remotas de las islas.

[1]​ En la antigüedad las aguas de la isla estaban pobladas por manatíes y focas monje del Caribe, hoy en día estas dos especies ya no están presentes en la zona, la segunda incluso se ha extinguido.

Otro reptil presente y digno de mención es el llamado gusano lagarto de las Islas Vírgenes (Amphisbaena fenestrata), un reptil del género Amphisbaena que se asemeja a un gran gusano.

[1]​ La presencia de la rata negra, el gato montés, la cabra y la oveja está directamente relacionada con la actividad humana en la zona.

[1]​ La mangosta india fue introducida en la isla por el hombre para frenar la proliferación de ratones y serpientes, sin embargo, la introducción de esta especie ha causado daños al ecosistema local ya que las mangostas se han reproducido rápidamente y también han comenzado a alimentarse de otras especies presentes, poniendo su supervivencia en riesgo.

[8]​ Por ejemplo, en la isla se ha registrado una escasa presencia de lagartijas pertenecientes al género Ameiva, muy comunes en el Caribe, y esto se ha atribuido a la presencia de mangostas que han diezmado la población.