Actualmente dirige al Al-Fateh de la Liga Profesional Saudí.

De 1998 a 2003, Gomes trabajó como preparador físico del Gil Vicente FC, F.C.

En la temporada 2003–04 se convierte en entrenador principal del Paços en la Primeira Liga, y fue despedido después de siete derrotas en los primeros ocho partidos, que acabarían con el descenso del equipo portugués.

En 2005–06 volvería a dirigir en la Primera División de Portugal dirigiendo durante 5 partidos al União Leiria, empatando dos y perdiendo tres encuentros.

Con el histórico conjunto húngaro acabó en cuarto lugar de la Nemzeti Bajnokság I en su única temporada completa, y también perdió la final de la Ligakupa ante Diósgyőri VTK (1–2).

El 20 de marzo de 2017, Gomes regresó a Al-Taawoun para sustituir al rumano Constantin Gâlcă en la que sería su segunda etapa en el club.

Es en ese periodo cuando se empieza a ganar el prestigio como entrenador en las principales ligas árabes donde se convierte en uno de los entrenadores más respetados.

[2]​ El técnico caló hondo entre sus aficionados, que llegaron a dedicarle un día especial para él por la gesta que consiguió: the Portuguese Day.

[5]​ El 27 de julio de 2020, la U. D. Almería hace oficial la contratación del técnico portugués para dirigir al conjunto andaluz en los play-offs de ascenso a Primera División, sustituyendo al tándem luso Nandinho-Mário Silva que se habían hecho cargo del equipo durante 7 partidos.