JJ inicia su carrera como futbolista en las divisiones inferiores del Guadalajara en 2011, se ha desempeñado en todas las categorías desde sub-13, sub-15, sub-17, Tercera y Segunda División,[2]​ en su carrera en las inferiores de Chivas marcó 41 goles en 77 partidos.

[5]​ En 2017, con 17 años, fue ascendido al primer equipo a pedido del director técnico Matías Almeyda.

En León recibió las oportunidades necesarias para mostrar su capacidad de 9 por parte del técnico Ignacio Ambríz, por lo que rápidamente se convirtió en una pieza clave del equipo y un favorito de la afición.

Con sus goles constantes y aportación al juego del equipo es que el León termina como el superlíder y subcampeón del torneo e incluso rompe el récord histórico de la liga de 12 victorias consecutivas.

[30]​ El 20 de septiembre de 2017 debutó con un hat-trick al minuto 56, 67 y al 70[31]​ en el «Chang An Ford Cup International Youth Football Tournament» jugando los 90' minutos en la victoria 5-0 ante la Tayikistán.

En el Chang An Ford Cup International Youth Football Tournament disputó todo los partidos y obtuvo los reconocimientos como máximo goleador de la competencia con 6 goles marcados y mejor jugador del torneo.

[44]​ El 23 de julio de 2018; Macías debutó en los Juegos Centroamericanos y del Caribe 2018 entrando al minuto 76 por Jorge Sánchez en la derrota 1-0 ante El Salvador.

[45]​ Macías fue convocado por Jaime Lozano para participar en el Preolímpico de la Concacaf 2020, marcando un gol en cuatro apariciones, donde México ganó la competencia.

Se listan todos los partidos que ha jugado José Juan Macías en torneos internacionales.

En 6 partidos, el mexicano totaliza 5 victorias y 1 derrota en dichas competiciones.