Jonatan Machuca (Villa Dolores, Córdoba, 21 de marzo de 1989) es un baloncestista argentino que juega en la posición de base.
Actualmente es parte de la plantilla de União Corinthians del Novo Basquete Brasil.
Es hermano de los también baloncestistas Lucas Machuca y Enzo Machuca.
Machuca fue miembro de los seleccionados juveniles de baloncesto de Argentina, siendo parte del plantel que conquistó el Campeonato Sudamericano de Baloncesto Sub-16 de 2005 y del que terminó décimo segundo en el Campeonato Mundial de Baloncesto Sub-19 de 2007.