Jonatan destacó desde muy joven en el Club Deportivo Monte, localidad de donde procedía su familia y equipo donde debutó por primera vez.
Posteriormente, pasó a formar parte del CD Parayas-Lorca, donde se explotó como futbolista total.
En diversos torneos infantiles coincidió con algunas estrellas ya consagradas como José Antonio Reyes y Andrés Iniesta.
En su primera etapa como racinguista no consiguió ganar la confianza del entrenador y mantuvo malas relaciones con el público de El Sardinero, que en parte le reprochaba falta de profesionalidad.
Estuvo tonteando con el mundo del boxeo, pero decidió seguir su carrera de futbolista.
En la temporada 2007/2008 volvió al Racing donde Marcelino le comunicó que contaba con él pero las lesiones (3 consecutivas) no le dejaron ni siquiera estar a disposición del técnico hasta la segunda vuelta.
Este no encuentra acomodo en ningún equipo después de ser rechazado por el Palencia debido a sus pretensiones económicas.