Jugó cuatro temporadas con los Thundering Herd de la Universidad Marshall, en las que promedió 19,8 puntos, 4,8 rebotes, 5,9 asistencias y 1,4 robos de balón por partido.

Poco antes, Elmore se había converido también en el líder histórico de asistencias de la conferencia (superando a Julyan Stone, también de UTEP), convirtiéndose en el único jugador en la actualidad que lidera ambas clasificaciones de una misma conferencia.

[2]​ Jon Elmore es el único jugador en la historia de la División I de la NCAA en alcanzar los 2.500 puntos y las 750 asistencias.

En sus tres últimas temporadas fue incluido en el mejor quinteto de la Conference USA.

En el mes de julio firmó su primer contrato profesional con el Pallacanestro Trieste de la Lega Basket Serie A, la primera división del baloncesto italiano.