Pérez fue un volante central, eficaz en la obtención de la pelota y pasarla hacia adelante, Pérez jugó para los clubes colombianos Independiente Medellín y Deportivo Cali.

En 2000 se trasladó al Columbus Crew de los Estados Unidos.

Después de una primera temporada baja en Columbus, Pérez destacó en 2001, formando el núcleo de un centro del campo robusto junto a Brian Maisonneuve.

Terminó el año con 8 goles y 15 asistencias, ganando reconocimiento como Jugador Más Valioso del club para la temporada.

En 2002, Pérez experimentado un descenso en sus estadísticas y el tiempo de juego, pero sin embargo ayudó al Crew a ganar su primer trofeo, la de EE. UU.