Ha publicado numerosos artículos sobre física elemental teórica en revistas científicas y dos libros de carácter técnico y científico, The Analytic S-Matrix (CUP 1966, junto con RJ Edén, PV Landshoff, y Di Oliva) y Models of High Energy Processes (Modelos de Procesos de Alta Energía) (CUP, 1980).

Polkinghorne renunció a su cátedra de física para estudiar para el sacerdocio anglicano.

Después de completar sus estudios teológicos, ordenarse y prestar servicio en varias parroquias, regresó a Cambridge.

Algunos de sus libros son Science and Creation (Ciencia y Creación), Science and Providence (Ciencia y Providencia), y sus Gifford Lectures, The Faith of a Physicist (La fe de un físico).

Ese mismo año fue fundador y presidente de la International Society for Science and Religion.