Ese mismo año fue nombrado como naturalista en los viajes de HMS Rattlesnake, a cargo del capitán Owen Stanley), recolectando en aguas australianas en: Puerto Curtis, Rockingham Bay, Port Molle, Cabo York, Gould Island, isla Lagarto y Moreton Island en Queensland, Port Essington (Territorio del Norte) y visitando Sídney (Nueva Gales del Sur) en varias ocasiones.

Así fue, y dos semanas después de arribar a Sídney, falleció (Desmond 1994 p. 217).

MacGillivray dejó el viaje a principios de 1855, habiendo sido despedido por el capitán Henry Mangles Denham.

John MacGillivray jugó hockey en Glenlake Hawks durante su juventud, y fue generalmente conocido como un muy buenjugador.

También fue Instructor en Bowcycle y en Mountain Bike en el "Parque Canada Olympic" durante los veranos.