Trabajó como farmacéutico, luego de su matrimonio con Martha Tischer, en 1888.

En 1897, es nombrado curador en la "Sección de Botánica" del Carnegie Museum of Natural History, y en 1904, también es nombrado curador del museo en el Jardín Botánico de Nueva York.

Realizó extensas expediciones de recolección de especímenes biológicos a Cuba entre 1903 a 1912, visitando en esa época también Montserrat, Puerto Rico, Vieques, Islas Vírgenes (St.

John, Tórtola, Virgen Gorda), Anegada, para finalmente, entre 1916 a 1917 recorrer Argentina y Paraguay.

Es conmemorado en los nombres de los géneros Shafera y Shaferocharis.