[1]​ Es considerado como uno de los grandes talentos que tuvo el futbol ecuatoriano, destacándose principalmente en equipos como Liga Deportiva Universitaria, con quien levantaría la Copa Libertadores en el año 2008 y sería elegido el MVP del torneo.

También lo haría a nivel internacional con Tigres UANL, con quien lograría el subcampeonato de la Copa Libertadores en 2015 y nuevamente sería elegido como MVP.

En 2004, abandonó sin autorización el Aucas aduciendo que el club no cumplía sus expectativas deportivas ni económicas,[2]​ y viajó a Argentina para probar suerte en el equipo argentino Boca Juniors como jugador de reserva en las categorías inferiores, pero nunca tuvo la oportunidad de debutar.

A finales del 2011 desciende con este club En 2012 es transferido al Beijing Guoan de la Super Liga China.

En sus primeros partidos rápidamente se mostró comprometido con el equipo, incluso marcó en su debut en Copa MX,[9]​ aparece en momentos importantes como en su primer clásico contra Monterrey y anota un gol que le dio la ventaja en el partido de ida de la final del Apertura 2014 frente al Club América.

A decir verdad su paso por el club no fue de lo mejor que la afición y directiva esperaban.

Joffre Guerrón es un jugador que está constantemente utilizando las redes sociales para tener una conexión con sus fans, es por eso que antes de un partido siempre deja unos cuantos mensajes dirigidos a los aficionados, iniciando el 2015 el ecuatoriano reportó haber perdido acceso a su red por medio de su nueva cuenta @joffreguerron8 su anterior Twitter ya contaba con más de 60,000 seguidores.