Enfadadamente se negó a obedecer las órdenes de la Operación Valquiria emitidas por uno de los principales conspiradores, el General Friedrich Olbricht y se puso a gritar "el Führer no está muerto" y refiriéndose al juramento de lealtad a Hitler.

[2]​ Fue remplazado en su mando por el General Karl Freiherr von Thüngen y se le permitió más tarde abandonar el Bendlerblock.

Subsiguientemente interrogó al Mayor Hans-Ulrich von Oertzen quien era uno de los partidarios del complot.

Kortzfleisch se sorprendió más tarde al saber que el oficial que lideraba el golpe era su primo distante Claus von Stauffenberg, quien había asistido recientemente a una boda con Kortzfleisch el año anterior.

El general se defendió con una pistola ametralladora y fue rodeado por soldados de EE.