João Aurélio comenzó su carrera profesional en ligas inferiores en el SC Penalva.
[5][6] Además, también fue titular y anotó en la victoria en casa por 4 a 3 ante el FC Zenit de la UEFA Europa League.
[1] João Aurélio continuó siendo una pieza importante en los esquemas del equipo en las siguientes seis temporadas en la Primera división en los que disputó 149 partidos.
En junio de 2018, tras rechazar una oferta del HNK Hajduk Split croata, ficha por el Moreirense FC por dos años.
[8] En esas dos temporadas jugó un total de 51 partidos en los que anotó 4 goles.