Actualmente dirige al Hartford Athletic de la USL Championship.

Nielsen comenzó su carrera jugando en las divisiones juveniles del Aalborg Boldspilklub.

Firmó su primer contrato profesional con el Millwall FC de Inglaterra en 1994, pero no llegó a jugar ningún partido.

Luego de que el club descendiera durante la temporada 2009-10, Nielsen consideró el retiro.

Nielsen se sintió inmediatamente a gusto en el club estadounidense e indicó que no volvería a considerar el retiro hasta por lo menos dos o tres años más.