Fue segundo entrenador en el SL Benfica, desde 2001, terminando como entrenador en 2002, y se mantuvo a cargo del equipo de las "Águilas" hasta el mes de noviembre de 2002, cuando fue sustituido por José Antonio Camacho y regresó a su posición como entrenador asistente.

[3]​ El presidente del FC Porto Jorge Nuno Pinto da Costa anunció oficialmente que Jesualdo Ferreira sería el nuevo entrenador del equipo el 18 de agosto, el mismo día que firmó el contrato.

[4]​ Su carrera en el FC Porto estaría cargada de buenos resultados.

Apenas unos meses después, el 20 de mayo, Leonardo Jardim fue anunciado como nuevo entrenador del club lisboeta; en consecuencia, Ferreira fue inmediatamente despedido.

[13]​ Ferreira, que anteriormente se desempeñó como el primer entrenador de Salvador en su mandato presidencial en 2003, se convirtió en el primero en entrenar al equipo en dos ocasiones diferentes con Salvador.

Sin embargo, no pudo repetir esta hazaña nuevamente en la Supercopa de Egipto, ya que perdió 3-2 ante su archirrival.

[17]​ Habiendo ganado la Qatar Stars League 2018-19 con un partido por jugar, dejó el equipo en mayo y fue reemplazado por Xavi.

[22]​[23]​ Aceptó terminar su contrato un año antes en junio de 2021, para permitir que el club trajera a João Pedro Sousa.