[2]​ Su primer partido internacional fue el 23 de junio de 2009 en la SuperLiga Norteamericana 2009, anotó un gol en la competencia y logró el campeonato al derrotar en la final al Chicago Fire.

[3]​ A partir del Torneo Clausura 2009, Molina se hizo de un puesto titular en el equipo universitario.

[6]​ Poco más de un año después logró su segundo campeonato al derrotar en la final al equipo que le dio la oportunidad de jugar en el fútbol profesional, los Tigres.

[7]​[8]​ Un día después de obtener el campeonato, se hizo oficial su traspaso al Club Santos Laguna junto con Luis Ángel Mendoza, su compañero de equipo.

Al término del torneo apertura 2022, el equipo tapatío lo dejó libre.

Cuando parecía que en el torneo clausura 2023 se iba a quedar sin jugar, el Club Universidad Nacional lo contrató como agente libre.

El siguiente año de nueva cuenta solo tuvo participación en dos partidos amistosos; esta vez contra Venezuela y Gales.

Fue convocado por José Manuel de la Torre a la Copa Confederaciones 2013,[16]​ pero Molina permaneció en las reservas del equipo y no logró tener actividad en ninguno de los partidos disputados.