Jefferson Lerma debutó oficialmente en el Club Atlético Huila el 30 de marzo del 2013, enfrentándose a Millonarios en el Estadio Guillermo Plazas Alcid.

Su primer gol lo consiguió en la tercera jornada de la Liga Postobón 2014 I, frente a Fortaleza.

En ese mismo encuentro marcó el gol mil de la historia del Atlético Huila en el fútbol profesional, y consiguiendo hacer un doblete.

En el arranque de la temporada 2017/18 tuvo destacadas actuaciones en seis partidos disputados, todos como titular.

Su primer gol lo marca el 10 de noviembre en la derrota 2-1 en su visita al Newcastle United.

El 12 de septiembre debuta como titular y con gol en la Championship en la victoria 3 por 2 sobre Blackburn Rovers marcando el segundo del partido, el 2 de octubre vuelve a marca gol en la victoria 3 por 1 como visitantes ante Coventry City.

En la semifinal contra Uruguay, Lerma hizo el único tanto del partido tras un tiro de esquina cobrado por James Rodriguez, Lerma pudo rematar de cabeza y darle el paso a Colombia a la final.