Con el edificio del Real Colegio aún en construcción, solicitó al marqués de la Ensenada un terreno para cultivar plantas.Las plantas debían llevar un orden y clasificación según su uso medicinal (purgantes, pectorales, vulnerarias, etc.).Los alumnos del Real Colegio tenían así la oportunidad de obtener un verdadero conocimiento de las plantas más precisas para la medicina.José Celestino Mutis, quien fue uno de los primeros estudiantes del colegio, se convirtió en un famoso botánico.Hay jardines botánicos que llevan su nombre en Colombia y en España.
