Sin embargo, decidió, a la edad de 30 años, volverse sacerdote y, en 1916, ingresó al seminario St.

Joseph's Seminary and College, en Dunwoodie (Yonkers).

Allí, estudió filosofía y teología católica y recibió el 21 de mayo de 1921 el sacramento del orden sacerdotal.

En 1945, se convirtió en vicario general de la Arquidiócesis.

McIntyre representó al Papa en varias ocasiones como legado pontificio y participó de 1962 a 1965 en el Concilio Vaticano II.