Fue llamado por los Diamondbacks de Arizona desde Triple-A por primera vez el 8 de junio de 2007, cuando el relevista Brandon Medders fue enviado al equipo Tucson Sidewinders.
Hizo su debut en Grandes Ligas ese día en el noveno inning en una derrota 10-3 de los Medias Rojas de Boston, retirando a los únicos tres bateadores que enfrentó, Jason Varitek, Coco Crisp, y Doug Mirabelli.
Peguero apareció en 16 juegos para Salt Lake Bees en 2009, terminó con un récord de 0-1 con una efectividad de 9.98 con un salvamento y 15 ponches.
En 2009, Peguero firmó con los Rojos del Águila de Veracruz en el béisbol mexicano, fue liberado poco después.
El 8 de abril de 2011, Peguero volvió a firmar con Águila de Veracruz para sustituir al venezolano Ramón Castro en el roster del equipo.