Jack puede ser considerado despiadado por su forma de actuar en cada temporada, pero al parecer es su trabajo lo que lo ha hecho así.

Durante ese día enfrentó a un genocida internacional que se creía muerto, Viktor Drazen.

Dieciocho meses más adelante, Bauer fue llamado de nuevo al deber por el presidente Palmer para ayudar a encontrar una bomba nuclear en Los Ángeles.

Estas pistas indican que hay un espía en la UAT, pero la información no logró prevenir que el villano, Ira Gaines, tomara control de la esposa e hija de Jack, y amenazara con matarlas si Jack no iba en persona a asesinar a Palmer.

Sólo la ayuda de Palmer, quien mueve influencias en el Pentágono para acceder a Jack, permite que éste siga avanzando, al descubrir que tanto Jack como Palmer están en la lista negra de alguien debido a un incidente dos años atrás, la «Operación Nightfall».

Jack elimina al cabecilla de los antifederalistas, quien le revela que tras el atentado a la UAT está Nina Myers.

Jack debe trabajar solo para buscar las pruebas que inculpan a un magnate del petróleo, Peter Kingsley.

En ese periodo organizó un plan con Tony Almeida y Gael Ortega para encontrar el virus Cordelia.

Sin embargo Ramón y su hermano se revelan contra Jack cuando aparece Nina Myers como la competencia en la compra del virus.

Saunders casi logra escapar, sin embargo es capturado durante el intercambio de rehenes entre Michelle y Jane.

Seis meses antes de la cuarta temporada, Jack inicia una relación amorosa a escondidas con la recién separada hija del Secretario, Audrey Raines.

Ahora que tienen el poder de controlar todas las centrales nucleares del país, Jack y la UAT deben detenerlos.

Jack debe recuperar del AFO las claves de armamento nuclear, pero no logra hacerlo antes que un misil sea activado, por lo que se ve obligado a entrar ilegalmente al Consulado Chino para rescatar a un colaborador de Marwan.

Durante esta operación, el cónsul cae muerto y los chinos requieren que Jack sea entregado a fin de evitar un incidente diplomático.

Jack finge su propia muerte con la colaboración de Tony, Michelle y Chloe logrando así escapar.

Jack ha logrado salvar el día y tiene un momento romántico con Audrey, cuando le comunican que tiene una llamada de Kim.

En la protosecuela se puede ver parte de lo que le ocurre a Jack Bauer en China.

Se sitúa con el agente americano siendo torturado para descubrir al contacto chino que quiere traerle de nuevo a Estados Unidos.

Al inicio de la sexta temporada, Bill Buchanan recibe a Jack que viene directo desde China.

Cheng Zhi lo libera y admite que Jack «nunca habló», un claro testamento a su resistencia.

Jack finge (nuevamente) su propia muerte para atacar, con una mordida en el cuello, al secuaz de Fayed que debía vigilarlo.

Finalmente Jack recibe apoyo de la UAT y es reinstaurado como Agente por el presidente Wayne Palmer.

Jack planea suicidarse implantando C4 en el lugar del intercambio, matando también a Cheng, pero los planes no salen según su idea y los chinos toman poder del dispositivo, el cual les da acceso a los sistemas de defensa de Rusia.

Audrey se encuentra en un estado de estrés postraumático debido a las torturas sufridas y solo puede repetir una frase: «Ayúdame, Jack.

Jack Bauer niega las acusaciones y advierte a los agentes que sus compromisos con el gobierno quedan anulados.

También se le informa que Tony Almeida continúa con vida y es el responsable de los ataques.

Más tarde sigue la pista del verdadero asesino (habían capturado al sospechoso equivocado previamente)hasta una casa en Queens, donde encuentra a un joven policía y a su mujer que habían sido asesinados por Davros para que este pudiera suplantar al agente en el grupo de seguridad del presidente Hassan.

Finalmente, el intercambio se produce, ya que un grupo de milicianos armados ataca a la comitiva.

Como personaje central de la serie, a Jack se le han conocido varios intereses románticos.

Durante la investigación, una llamada telefónica de Bart se cruza accidentalmente con otra realizada por Jack Bauer.