Las Naciones Unidas y Amnistía Internacional lo citaron por violaciones de derechos humanos.

[7]​ En 1966 se incorporó al Frente para la Liberación de Eritrea (FLE) y viajó a la República Popular China donde ingresó en el Ejército para su formación.

Más tarde cofundó el Frente Popular para la Liberación de Eritrea y fue nombrado secretario general en 1987.

Mantuvo buenas relaciones con Estados Unidos al defender la segregación de Eritrea, pero la situación empeoró sucesivamente debido, por una parte, a que el país no había conseguido superar la economía de subsistencia, por otra a los enfrentamientos con los países vecinos y, por último lugar, a la guerra declarada con Etiopía durante dos años por territorios fronterizos estériles que finalizaron con una severa derrota militar de los eritreos a manos del ejército etíope en 2000, al ocupar estos el puerto de Asab, justo en el extremo más al sur del país.

El 19 de julio, Ahmed nombra al primer embajador etíope en Eritrea en veinte años, Redwan Hussein.

Esto fue ampliamente reconocido por numerosos líderes mundiales y el gobierno de los Emiratos Árabes Unidos otorgó a Isaias Afwerki la Orden de Zayed (Primera Clase) en reconocimiento a sus esfuerzos para poner fin al conflicto.

Amnistía Internacional cree que el gobierno del presidente Isaias Afwerki ha encarcelado al menos a 10.000 presos políticos.

Amnistía también afirma que la tortura —para castigar, interrogar y coaccionar— está muy extendida.

La policía arrestó a 24 personas: 6 hombres, 16 mujeres y 2 menores de edad.