Es ampliamente conocido como un "señor de la guerra" debido a su ascenso al poder durante guerra soviético-afgana cuándo controlaba un enorme ejército muyahidín, conformado principalmente con sus seguidores tayikos del oeste del país.

Cientos de trabajadores civiles y personas que no vestían ropas tradicionales musulmanas, fueron asesinados por los rebeldes.

La turba rebelde decapitaron a las víctimas y las ensartaron en picas, las cuales fueron desfiladas por toda Herat.

Ismail Khan huyó al campo, en donde comenzó a reunir un ejército rebelde local.

En 1995, defendió exitosamente su provincia contra la los talibanes, en cooperación con el Ministro de Defensa Ahmad Shah Massoud.

Más tarde en septiembre, un aliado del Jamiat, el general uzbeko Abdul Rashid Dostum se pasó al bando enemigo e invadió Herat.

Khan se vio forzado a huir en la vecina Irán, junto con 8 000 hombres, y los talibanes tomaron la Provincia de Herat.

[3]​ Como Emir de Herat, Ismail Khan ejerció una gran autonomía, proporcionando bienestar social para sus habitantes, expandiendo su poder hacia las provincias vecinas, y estableciendo contacto directo con el extranjero.

Varias fuentes han presentado diversas versiones de los hechos, por lo que la dinámica exacta no puede conocerse con clara certeza.

Las fuerzas de Khan tuvieron escaramuzas incluso con el Ejército Nacional Afgano, en las que murió asesinado su hijo, Mirwais Sadiq.

[8]​[9]​ El 27 de septiembre de 2009, Ismail Khan sobrevivió a un atentado suicida, en el que cuatro personas murieron, entre ellas una mujer y un niño, y otras 17 personas resultaron heridas.

El portavoz talibán, Zabiullah Mujahid, se atribuyó al atentado, y afirmaron que su objetivo era Khan.

[13]​ También Human Rights Watch lo ha acusado de cometer violaciones a los derechos humanos.