El Inter Litoral Academy registró su primera aparición en el fútbol de Guinea Ecuatorial en la temporada 2019/2020, compitiendo en Primera División tras ascender la temporada anterior accediendo desde Segunda División.
[1] En la temporada 2020/2021, el equipo no disputó la liga, que fue suspendida por decisión de la Federación Ecuatoguineana de Fútbol (FEGUIFUT).
Sin embargo, sí participó en la Copa Teodoro Nguema Obiang, competición no oficial, siendo eliminado por el Hacia Club de Mbedumu en las semifinales de la fase continental.
[6] En la temporada 2022/2023, el Inter Litoral participó en la Copa Confederaciones de la CAF,[7] pero fue eliminado en primera ronda por el St Michel United FC de las Seychelles por WO.
En la Copa, alcanzó las semifinales, donde sufrió una dura derrota por 5-0 ante el 15 de Agosto, poniendo fin a su participación en la competición.