Los Alcaldes constituían la autoridad judicial del Pago, encargados de hacer cumplir las leyes vigentes.

Por entonces, la Municipalidad tenía un solo empleado con sueldo (el secretario), y los demás trabajaban ad honorem.

El aumento de la población y el desarrollo que se dio en el país en los años posteriores hicieron indispensable una nueva organización administrativa.

El intendente era nombrado por los concejales, que a su vez elegían anualmente al presidente del Concejo Deliberante.

En tanto, el Legislativo está constituido por el Honorable Concejo Deliberante de San Isidro, formado por 24 concejales, que ejercen durante cuatro años y se renuevan por mitades cada dos.