Sus principios rectores son: certeza, legalidad, imparcialidad, independencia, máxima publicidad, definitividad y objetividad.

Gracias a esta legislación, se creó el Instituto Federal Electoral en octubre de ese mismo año; el IFE, hoy INE  fue diseñado como un ente autónomo, ciudadano e imparcial, provisto de los recursos técnicos necesarios para administrar los procesos electorales, ofreciendo certeza, transparencia y legalidad.

Derivado de esa misma reforma, la Comisión se transformó en Consejo Estatal Electoral, organismo público de carácter temporal; ciudadanizado, imparcial y autónomo en su funcionamiento e independiente en sus decisiones, con personalidad jurídica y patrimonio propios.

En ese mismo año se integró el Tribunal Local Electoral, siendo aprobada su composición por unanimidad del Congreso.

El Consejo quedó formalmente instalado en la sesión que se llevó a cabo el día 10 de marzo.

El organismo como tal se estrenó en 2001, año en que los aguascalentenses acudieron a las urnas para elegir diputados locales y miembros de Ayuntamientos.

El Consejo General del Instituto Estatal Electoral fue renovado una vez más en marzo de 2006 por el Legislativo.

Debido a la inequidad poblacional en los distritos electorales uninominales, ese año el Consejo General tuvo la encomienda de revisar y configurar la delimitación de los Distritos Electorales Uninominales, actividad que se llevó a cabo durante los primeros meses del año en cita.

Tras las reformas a la legislación electoral, en Sesión Extraordinaria el Consejo General declaró el 1 de diciembre de 2010 el inicio del Proceso Electoral 2009 - 2010, que condujo a la renovación del Gobierno, el Congreso y los 11 Ayuntamientos.

No sería sino hasta el año 2015, cuando el INE emitiera la convocatoria para ocupar las Consejerías de los OPLES.