[12]​[nota 1]​ Fuentes estadounidenses dijeron que no se hizo ninguna investigación sobre los barcos en la zona hasta después del ataque al USS Liberty.

Además, dijo Barbour: "Si los israelíes hubieran hecho tal investigación, habría sido enviada inmediatamente al jefe de operaciones navales y otros altos mandos navales y repetida al Departamento de Estado".

[24]​ El mando naval israelí envió dos destructores para investigar, pero fueron devueltos a sus posiciones anteriores a las 9:40 de la mañana, después de que surgieran dudas durante la sesión informativa del piloto.

[27]​ Al jefe de Estado Mayor Yitzhak Rabin le preocupaba que el supuesto bombardeo egipcio fuera el preludio de un desembarco anfibio que podría flanquear a las fuerzas israelíes.

El Jefe de Operaciones Navales pidió a los torpederos que revisaran sus cálculos.

[22]​[29]​ Unos minutos más tarde, el comandante Oren informó que el objetivo, ahora a 27 km de su posición, se movía a una velocidad de 28 nudos (52 km/h; 32 mph) en un rumbo diferente.

Los torpederos los persiguieron, pero no esperaban alcanzar su objetivo antes de llegar a Egipto.

El Comandante Oren solicitó que la Fuerza Aérea de Israel enviara aviones para interceptar.

[33]​ En una declaración posterior al ataque, los pilotos dijeron que no veían marcas o banderas distinguibles en el barco.

[36]​ La tripulación se encontraba en "modo de parada", con sus cascos y chalecos salvavidas quitados.

[22]​ La preparación para la batalla se estableció en la "condición tres modificada", lo que significaba que las cuatro ametralladoras calibre.50 del barco estaban atendidasdas y las municiones estaban listas para cargarlas y dispararlas.

Kislev les dijo a los pilotos que no atacaran si había alguna duda sobre su identificación, y la Marina israelí se puso rápidamente en contacto con todos sus barcos en la zona.

Aunque los buques de guerra egipcios eran conocidos por disfrazar sus identidades con marcas occidentales, por lo general solo mostraban letras y números árabes.

Durante el intervalo, los tripulantes a bordo del Liberty izaron una gran bandera americana.

Según Michael Limor, un reservista naval israelí que prestaba servicio en uno de los torpederos, intentó contactar con el barco por heliografía y radio, pero no recibió respuesta alguna.

Debido a los daños sufridos por el equipo, McGonagle solo pudo responder utilizando una lámpara portátil Aldis.

El capitán del barco T-203 llegó a la misma conclusión de forma independiente.

[18]​: 16  McGonagle no podía ver ni "llegar al puesto 53 desde el ala de estribor del puente".

[49]​ Poco después, los israelíes dijeron que habían atacado por error el barco.

La administración Johnson transmitió "fuerte consternación" al embajador israelí Avraham Harman.

El personal médico fue trasladado al Liberty y escoltada a Malta, donde se le hicieron reparaciones provisionales.

Todas las investigaciones sobre el asunto culparon igualmente a la falta de comunicaciones y no encontraron ninguna razón para que alguien involucrado enfrentara cargos criminales.

En su mayor parte, los senadores estaban consternados por el ataque, tal como lo expresó el senador Bourke B. Hickenlooper: "Por lo que he leído, no puedo tolerar ni por un minuto que este [ataque] fuera un accidente".

[65]​ El informe termina con una sección titulada "Preguntas sin respuesta", y no llega a ninguna conclusión sobre la culpabilidad:[65]​ "Cada entrevista oficial de numerosos tripulantes del Liberty daba pruebas consistentes de que el navío enarbolaba una bandera americana y, además, las condiciones climáticas eran ideales para asegurar su fácil observancia e identificación".

Dos informes posteriores de la investigación israelí y un informe histórico concluyeron que el ataque se llevó a cabo porque se confundió al Liberty con un barco egipcio debido a fallos en las comunicaciones entre Israel y los EE. UU.

[74]​ Ennes y Joe Meadors, también sobrevivientes del ataque, tienen un sitio web sobre el incidente.

[89]​ Sin embargo, Gabi Bron afirmó que solo había visto a 5 personas ejecutadas por las tropas israelíes.

[100]​[101]​ Los helicópteros de rescate retransmitieron peticiones urgentes de que los rescatadores pidieran al primer superviviente que sacara del agua cuál era su nacionalidad; se discutió si los supervivientes hablarían en árabe.

No aparece ninguna respuesta en la transcripción, pero el controlador aéreo dice: Le pedimos que haga otra pasada y compruebe una vez más si se trata realmente de una bandera americana.

Pidió confirmación de la orden al no poder creer que Washington nos dejaría hundirnos.