Tras su ordenación sacerdotal fue párroco en Beirut y profesor de seminario.
En 1995, Juan Pablo II le nombró eparca de esta Eparquía, y visitador apostólico de los fieles siro-católicos de América Central.
Fue elegido como Patriarca el 20 de enero de 2009 por el Sínodo siro-católico, reunido en Roma bajo la presidencia del cardenal Leonardo Sandri, Prefecto de la Congregación para las Iglesias Orientales.
Benedicto XVI le concedió la comunión eclesiástica que puso de manifiesto en su Visita a Roma el 19 de junio de 2009 coincidiendo con el inicio del Año Sacerdotal.
El Patriarca Ignacio José III Younan celebró la Santa Misa por el rito siriaco en la Basílica de Santa María la Mayor como signo de esta comunión.