Bermudes regresó a Etiopía en 1539 afirmando haber sido investido por el papa como patriarca de Alejandría.

A requerimiento portugués, el papa designó en 1555 al jesuita João Nunes Barreto con el título de patriarca de Etiopía, y lo envió con dos obispos coadjutores y 8 misioneros jesuitas.

En 1559 el nuevo emperador Menas le prohibió predicar y confinó a los misioneros.

Su coadjutor, Melchor Carneiro, recibió automáticamente el título de patriarca, pero no viajó a Etiopía y renunció en 1581.

La misión católica siguió establecida en Fremona, a dónde llegó el jesuita español Pedro Páez en 1603.

En 1607 asumió como emperador Susenyos I, quien fue convertido por Pedro Páez, y en 1622 declaró al catolicismo la religión del estado.

Su sucesor, Fasilides, restauró inmediatamente la Iglesia etíope, confinó a los jesuitas en Fremona, y pidió un obispo al patriarca copto de Alejandría.

En los siguientes dos siglos Etiopía fue completamente cerrada a las actividades misionales católicas.

En 1839 los lazaristas y capuchinos reasumieron la actividad misionera católica en Etiopía, aunque con ciertas limitaciones debido a la fuerte oposición pública.

El rito latino se estableció en el sur de Etiopía en áreas que no habían sido cristianizadas y que fueron incorporadas al país al final del siglo XIX.

La misión tiene un rector basado en Bromma y una asociación juvenil (Gheez-rit katolska ungdomsförening) en Estocolmo.