Los Jaguars participan en las competiciones universitarias organizadas por la NCAA, y forman parte de la Horizon League.IU Indy se hizo cargo del programa deportivo de la IUPUI porque la gran mayoría de los programas académicos anteriores de la IUPUI fueron transferidos a esa universidad.Durante muchos años, el apodo de la universidad fue el de Metros, pero en 1998, coincidiendo con el acceso de la institución a la División I de la NCAA, cambiaron el mismo por el de Jaguars, mediante una votación en la cual fueron descartadas otras opciones como City Cats, River Hawks, Indy Wolves, Indy Cats, City Hawks, Metro Hawks, Metro Cats, Indy Hawks o Circle Cats.Se eligió el jaguar porque representa el espíritu de IUPUI: es potente, rápido y seguro.[3] Sólo un jugador de IUPUI ha llegado a jugar en la NBA,[4] el actual base de los Indiana Pacers George Hill.
