[4]​ El Ingesa es la entidad heredera del antiguo Instituto Nacional de la Salud (Insalud), que tenía como misión la prestación sanitaria pública en España.

De este modo, el Insalud fue traspasando paulatinamente las competencias en gestión sanitaria a las comunidades, que comenzaron a crear sus propias Consejerías de Salud y con ello servicios de salud autónomos.

Este proceso de traspaso culmina en 2002, año en el que el Insalud queda transformado en el actual Ingesa, con el objetivo de continuar la prestación sanitaria pública en las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla.

La atención sanitaria del Ingesa en las ciudades autónomas se dividen en dos áreas sanitarias, una por cada ciudad, con sus respectivos centros de atención primaria y hospitales.

El Instituto Nacional de Gestión Sanitaria se estructura en los siguientes órganos:[5]​