Dejó este cargo al ser designado ministro de Economía, Fomento y Reconstrucción (Lavados es miembro del Partido Demócrata Cristiano, que formaba parte de la coalición gobernante entonces).

[10]​ Como rector de la USS fue criticado por sus conexiones con la coalición gobernante entonces, ya que le permitirían ejercer como lobbista para conseguir fondos estatales.

Así, la periodista Mónica González, directora del CIPER, manifestaba en 2016: "¿Cuanto le está pagando la Universidad San Sebastián a Hugo Lavados como rector?

Hugo Lavados un militante destacado de la DC, que fue ministro de Economía en los gobiernos de la Concertación, que es un lobbista importante que se le contrata como rector para obtener todos los beneficios y ha bregado en sus columnas para que instituciones como la suya sigan manteniendo la enorme cantidad de fondos fiscales".

[4]​ Ha efectuado asesorías al Banco Mundial y al Interamericano de Desarrollo en Perú, Uruguay, Costa Rica, Ecuador y Paraguay, sobre reformas y modernización de mercado de valores.