Emocionado, se lo cuenta a su amigo Ando, que trabaja con él, pero este le toma por loco.

Al llegar a su apartamento, se encuentra el cadáver de Isaac y acto seguido llega la policía, que le detiene por estar en la escena del crimen y con ello, ser el principal sospechoso.

Hacia el final de esta temporada junto con otros Héroes logran detener a Sylar y evitar la explosión que destruiría Nueva York.

Hiro intenta enseñarle cómo ser un héroe y lo guía hacia las batallas que supuestamente Kensei había librado según la historia.

Kensei decide traicionar a Hiro y unirse al ejército de Barba blanca para conquistar Japón.

Al principio Hiro se niega pero luego recapacita y hace las paces con su padre.

Hiro entonces vuelve a su verdadero trabajo: el de ser un héroe junto con su mejor amigo Ando.

Posteriormente Hiro al igual que el resto se convierte en un fugitivo, y tras reunirse con Matt, Mohinder, Ando y Peter, todos forman una alianza en donde juran defenderse a cualquier costo y cumpliendo diversas tareas, en el caso de Hiro, tras haber observado una pintura precognitiva, Hiro junto con Ando se dirigen a La India, lugar donde de alguna manera Hiro detendrá una boda, sin embargo Hiro se molesta con Ando, cuando se entera de que este último había convencido ala novia de abortar la boda, pero cuando Ando es tomado como rehén por el mismo prometido de la novia, Hiro se las arregla para detener la boda y se da cuenta de que no necesita de sus poderes para ser un héroe, más tarde el par es contactado por Rebelde, quien les asigna la misión de salvar a Matt Parkman, una vez en Los Ángeles, Hiro y Ando pronto se enteran de que su misión no era salvar al Matt Parkman que ellos conocían si no a Matt Parkman Jr.

En esta complicada situación Hiro le dice a Suresh que tiene que desaparecer por ocho semana para poder salvar a Charlie, Mohinder no está de acuerdo con la idea y entonces Hiro lo encierra en un manicomio.

En el carnaval Lidya le pide a Hiro que la lleve al pasado para poder comprobar cómo murió Joseph, el hermano de Samuel, que resulta haber sido asesinado por Samuel.

Ando le quiere sacar los remedios a Mohinder pero los traga por error, quedando inconsciente.

ando recibe una llamada de noah que le dice que vengan hiro y ando se les trasportan al carnaval .hiro y ando se llevan a todos del carnval Hiro es atrapado en la fortaleza eterna en un mundo virtual creado por su empleado Hachiro Otomo de donde es rescatado por Miko Otomo, después junto a Noah Bennet viajan al pasado al día 13 de junio (día del ataque terrorista en la cumbre de odessa) ahí intenta detener el ataque pero se da cuenta de que las consecuencias para el futuro podrían ser mucho peores, más adelante lleva a Noah y a Angela Petrelli al hospital donde se enteran de que Claire Bennet ha muerto en el parto de 2 mellizos (Nathan y Malina), más adelante lleva a los mellizos junto a Angela al pasado para que crezcan seguros, pero su poder es absorbido por Nathan y él se encarga de cuidarlo como su hijo y enseñarle todo lo que sabe (Hiro actualmente es un anciano debido a que paso muchos años cuidando a Nathan en el pasado), años más tarde se encuentra con Noah Bennet el 13 de junio y es atacado por los hombres de Erica Kravid, él le dice a Nathan que lo deje y él se queda luchando, después se desconoce su paradero.

Hiro puede controlar el espacio-tiempo, en una entrevista para televisión, Masi Oka dijo que su poderes eran la cronokinesis (manipulación del tiempo) y la teletransportación (manipulación del espacio); estos poderes son los que le han permitido teletransportarse al futuro y al pasado, y a cualquier lugar de la tierra (ha perdido estos poderes en dos ocasiones), aparte con el tiempo se ha transformado en un combatiente experto con la espada japonesa Hizo su primera aparición en el episodio 4 ("Collision") durante el viaje de Peter Petrelli y Mohinder Suresh.