[16]​[17]​[18]​ En las elecciones presidenciales de 2004, se postuló para un segundo mandato consecutivo como candidato del Partido Revolucionario Dominicano, habilitado por la reforma constitucional de 2002 promovido por la fracción PPH (Proyecto Presidencial Hipólito).

Mejía fue derrotado por el expresidente opositor Leonel Fernández del Partido de la Liberación Dominicana, terminando en un segundo lugar con un 34%.

En su ciudad natal se le conocía como "Cabuyita", diminutivo de cabuya, debido a su rubio y lacio cabello que poseía durante su juventud.

[24]​ Mejía recibió su diploma del Instituto Politécnico Loyola en San Cristóbal, graduándose en 1962.

Dos años después, asistió a programas especiales en la Universidad Estatal de Carolina del Norte en los Estados Unidos.

[27]​ En 1978, fue nombrado Ministro de Agricultura durante el gobierno del presidente Antonio Guzmán Fernández.

Además debió enfrentar las consecuencias del Huracán David, de la tormenta tropical Federico y la peste porcina africana.

Continuó sus labores en empresas privadas, pero se mantuvo participando en política como vicepresidente del Partido Revolucionario Dominicano.

[27]​ Fue integrante de la corriente interna llamada Bloque Institucional que encabezaba el líder perredeísta José Francisco Peña Gómez a quien acompañó como candidato vicepresidencial en 1990 con el PRD dividido por la creación del Partido Revolucionario Independiente que encabezaba el expresidente Jacobo Majluta y quedando en un tercer lugar con un 23 % de los votos, después de Joaquín Balaguer (35 %) y Juan Bosch (33,8 %).

[29]​ La campaña de Mejía se basó en apelar al sentimiento humilde y patriótico, sobre todo del campesino dominicano.

Los efectos de la crisis económica mundial se agudizaron más por la quiebra de tres entidades bancarias cuyos ahorrantes fueron protegidos por el gobierno quien financió esta situación que como efecto colateral, trajo inflación.

Algunos sectores cuestionaron dicho salvataje aduciendo que no se hizo apegado a la ley monetaria la cual establecía un tope de medio millón de pesos dominicanos por ahorrante para el salvataje lo cual no fue observado.

[39]​ y por el expresidente Leonel Fernández en conversación con funcionarios de la Embajada norteamericana filtradas por WikiLeaks.

Esos ejercicios, que contaron con la autorización del entonces presidente Hipólito Mejía, se realizaron "cerca de la frontera, precisamente en una zona desde la cual los ex militares haitianos lanzaban regularmente ataques contra las instalaciones del Estado haitiano".

Siendo presidente del país y con su partido político como mayoría en el congreso, se reformuló la Constitución de la República Dominicana para reintroducir la reelección presidencial con el modelo americano de dos periodos únicos.

Dado el lenguaje usado en el texto, se interpretó que esta solo permitía reelección y "nunca jamás", lo cual aparentemente había puesto fin a la carrera de Mejía post 2004 al no ser reelecto.

[32]​ Durante la pugna interna, encuestas situaban a Fello Suberví como el principal precandidato presidencial del partido ajeno al PPH, pero terminó llegando a un acuerdo político con Mejía y aceptó ser su compañero de boleta para las elecciones presidenciales.

Su personalidad campechana fue un notable contraste con la que tradicionalmente los dominicanos habían visto en sus Jefe de Estado.

Mejía se define a sí mismo como una persona sin pelos en la lengua que dice lo que piensa, lo cual es aplaudido por algunos mientras otros interpretan esa actitud como inadecuada para la imagen de un presidente.

[50]​ En su tiempo, Mejía obtuvo tanto muy altos como luego muy bajos índices de aprobación previo y posterior a la crisis financiera respectivamente.

[51]​[52]​[53]​ La primera campaña presidencial de Mejía en el 2000 la ganó bajo la nueva regla electoral que requiere un "50 más 1" (50 por ciento más uno del total de votos para ganar en la primera vuelta).

Mediante una entrevista realizada a Mejía por el periodista Jorge Ramos en noviembre de 2003, Mejía se defendió diciendo que las personas no comprendían su manera de ser, que él era "claro y no se andaba con rodeos".

Ramos le hizo varias preguntas con respecto a la relación de este (Mejía) con sus opositores políticos y con los periodistas, donde le preguntó: ¿Usted dice que sus opositores son babosos y dinosaurios.

[56]​ Cuenta con Doctorados Honoris Causa por las siguientes universidades:[26]​[57]​ Hipólito Mejía ha obtenido un gran número de condecoraciones y reconocimientos, entre los cuales se encuentran:[26]​