Shūichi y Yoshino conocen a una mujer adulta transexual llamada Yuki, que vive con un hombre cuyo nombre es Shiina.

Cuando Saori se entera de esto, le declara su amor a Shūichi, pero él tampoco puede responder al sentimiento.

En secundaria, todos conocen a una alta y excéntrica chica llamada Chizuru Sarashina, quien trata de ser amiga de todos, y a su susceptible amiga, Momoko Shirai, quien no se lleva bien con los demás (chocando especialmente con Saori).

Shuuichi intenta ir a la escuela vestido como una chica un día, pero todos se burlan de él, lo cual lo desanima.

[5]​ Shuuichi muestra signos de Disforia de género y demuestra atracción hacia dos chicas en la serie — Yoshino[6]​ y Anna Suehiro, con la que tiene citas durante un tiempo mientras está en secundaria,[7]​ hasta que Anna rompe con ella,[8]​ aunque posteriormente vuelven a ser pareja.

Shuuichi disfruta y es hábil horneando postres,[1]​ aunque nunca se le ve cocinando otras comidas más convencionales.

[9]​ Debido a su personalidad le es más fácil asociarse con chicas de su edad, y tiene muy pocos amigos varones.

Mientras Saori crece gradualmente se vuelve más distante y estoica; incluso guarda malas relaciones con sus profesores.

[24]​ Sasa, en ocasiones, actúa como mediadora entre sus amigos y trata de que nadie esté solo nunca.

Sasa es una niña inocente e infantil que no tiene muchas preocupaciones además de los pleitos entre sus amigos.

Makoto cree que debido a sus pecas faciales y lentes redondos, ella no es capaz de verse tan linda como Shuuichi al asumir la apariencia del sexo opuesto.

Hiroyuki, conocida más como Yuki, es una mujer transexual alta y atractiva que vive con su novio, Shiina.

[26]​ Yuki se interesa al principio en Yoshino cuando cree que es un niño, aunque sigue manteniendo buenas relaciones con ella aún después de saber su verdadero sexo,[35]​ y le da a ella y a Shuuichi útiles consejos cuando tienen problemas.

A pesar de las diferencias entre sus situaciones, Yuki ve mucho de ella en Shuuichi: cuando eran pequeños, Shiina fue el único amigo que apoyo al joven Hiroyuki (como era llamada entonces) cuando, tanto niñas como niños, le molestaban para que cambiara.

), en donde su familia (padre, madre, hermano y cuñada) también aparece; Yuki es gran fan de Keiji Sada, un actor del periodo Shōwa.

[39]​ Generalmente solo cuida de Shuuichi y Yoshino, aunque a veces hace cosas atrevidas e inesperadas, como agarrar la entrepierna de Yoshino cuando la conoce porque, ya que estaba vestida como niño en ese momento, temía que hubiese tenido una aventura con Yuki.

Taichiro comenta que desde pequeño tenía el deseo de vestir como una mujer, pero fue cuando murió su esposa fue cuando realmente comenzó, siendo descubierto por su hija, Midori.

Anna, al principio, desaprueba que Shuuichi se vista como niña, e, inclusive, la llama "fenómeno" poco después de conocerla.

Anna suele hablar mucho con Maiko, quien a veces le da consejos que daría una persona adulta.

Profesor de Shuuichi y compañía cuando ingresan a secundaria, se especializa en la enseñanza del japonés.

Se encargó de organizar la obra que la clase a su cargo haría para el Festival Cultural.

Es fotoalérgico, cosa que él comenta simplemente diciendo "soy muy sensible a la luz solar", siendo esta la razón por la cual casi siempre se le ve usando una gorra.

Se une al Club de Teatro en secundaria y le presenta el guion que hizo en primaria a su maestra asesora.

Se le dificulta lidiar con su hija que, según ella, actúa cada vez más imprudentemente conforme crece.

[43]​[51]​ Él se interesa en Saori y trata de volverse su novio, cosa que consigue cuando ella entra al bachillerato.

[55]​ Shimura originalmente planeaba usar a una estudiante de bachillerato que quería ser hombre como personaje principal.

Shimura usó su visión de que el niño pasaría por cambios significativos conforme creciese para desarrollar más la historia y los personajes.

[59]​ Por tanto , Hourou Musuko es uno de los trabajos más largos que has sido serializados en Comic Beam.

Gary Groth de Fantagraphics Books dijo, en una entrevista, que licenció Hourou Musuko porque "no es la típica elección para un título de manga publicada en los Estados Unidos y no trata un tema típico para los comics en general"[65]​ diciendo que el tema es "perfectamente legítimo... para la literatura - o los comics".

[83]​[84]​ La Young Adult Library Services Association nominó Hourou Musuko para su "Great Graphic Novels for Teens list" del 2012.