Hübner fue el autor de Sammlung Europäischer Schmetterlinge (Colección de mariposas europeas) (1796-1805), un trabajo fundacional de la disciplina de la Entomología.Fue uno de los primeros especialistas en trabajar en los lepidópteros europeos.Describió un gran número de nuevas especies, por ejemplo, Sesia bembeciformis, muchas de ellos frecuentes.La obra maestra de Hübner, "Tentamen", fue concebida como un documento de debate; publicada inadvertidamente, condujo a confusión en la clasificación.La abreviatura Hübner se emplea para indicar a Jacob Hübner como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
