Sin embargo, llegó a disputar ocho encuentros, de los cuales fue titular en cinco Ya en la temporada 2012-2013, se volvió más importante para el equipo.

Finalizó su primera etapa en el club con 32 partidos (25 de titular) y 2 goles marcados.

Fernández regresó con la idea de volver a pelear por un puesto, pero su participación en el primer equipo fue nula.

A mediados de 2015, rescindió contrato con la entidad de Rafaela y negoció su llegada a préstamo al club mendocino Godoy Cruz motivado por la llegada del nuevo DT Gabriel Heinze.

Al término de la temporada 2017-18 fue pretendido por varios equipos, entre ellos River Plate y Santos Laguna.

En 2023 ganó su sexto título con el club, la Supercopa Argentina frente a Patronato.