Durante 2012 jugó la Copa UC y sumó pasos por la selección chilena Sub-20 en una gira por Europa.

Días después, el 14 de octubre del mismo año, Guillermo se estrenó como titular, jugando los 90 minutos en el triunfo de su escuadra por 3-2 nuevamente contra Audax Italiano por Copa Chile.

[7]​ Guillermo Maripán firmó su mejor temporada goleadora en el curso 2020-21,[8]​ convirtiéndose en uno de los centrales que más goles marcó,[9]​ y además mejoró cinco aspectos clave en su juego que evidenciaron su crecimiento deportivo.

[16]​ Además de convertirse en capitán del Mónaco, Guillermo Maripán logró una gesta para su país: se convirtió en el chileno que más partidos ha disputado en la historia de la Ligue1.

Tras sus buenas actuaciones en la Universidad Católica, lo que le valió ser traspasado al Deportivo Alavés de España, Pizzi lo nominó en la pre-nómina de la Copa FIFA Confederaciones 2017 celebrada en Rusia.

Jugó un partido amistoso previo a la Confederaciones el 2 de junio frente a Burkina Faso en el Nacional, jugando de titular los 90 minutos.

Finalmente, Maripán no formó parte del plantel que jugó la Copa FIFA Confederaciones 2017.

Sin embargo, se jugó el partido ante Corea del Sur donde Maripán fue titular, y Chile empató 0-0, con un regular partido de Maripán, al haber reaccionado bien en la marca pero no estuvo a la altura en los pases a ras del suelo.

Maripán jugó de titular los 90 minutos haciendo dupla con Paulo Díaz.

Chile lo remontó y ganó 2-1, dejando a Maripán al margen en el equipo titular.

En el último partido de la fase de grupos contra Uruguay con Chile ya clasificado, Maripán jugó como central por la izquierda, dejando a Gary Medel por el centro y a Gonzalo Jara por la derecha.

Chile tras un empate 0-0 en los 90 minutos, pasó a las semifinales al ganar 5-4 en penales.

Tras su exitosa temporada 2020-21 con el Mónaco, donde fue considerado uno de los mejores centrales internacionales, Guillermo Maripán afrontó la Copa América 2021.

[30]​ En ella, Maripán protagonizó una de las jugadas del torneo tras realizar una finta a Leo Messi que dio la vuelta al mundo.