Debutó profesionalmente en el 2001 con el club Jorge Wilstermann de Cochabamba.

Tras su éxito con los celestes, Mojica fue transferido al Paços Ferreira de Portugal, equipo donde no tuvo mucha continuidad desde su llegada.

Al poco tiempo, fue cedido al CFR Cluj de Rumania dónde tampoco logró ganarse la confianza del técnico.

Al expirar su contrato con la academia, Mojica pasó a filas de Oriente Petrolero en enero del 2009 y retorno el 2010 al Club Blooming.

En julio de 2010 regresa al fútbol del exterior, para vincularse con el Deportes Quindío en Colombia.