En 2001, consiguió nuevamente un ascenso coronándose campeón, y permaneció durante tres años más en el club.

En su última campaña al mando del club, logró la segunda colocación, derrotando a Ben Hur en cuartos de final y a Atenas de Córdoba, pero siendo derrotado por Boca Juniors en la serie final por 4-2.

La campaña siguiente, clasificó a la primera edición del Torneo Súper 8 tras colocarse en la tercera ubicación de la zona norte.

Ese mismo año participó del Campeonato Sudamericano de Clubes Campeones.

En la segunda fase se colocó séptimo, debiendo jugar la reclasificación ante su antiguo club, Obras.

En su segundo temporada al mando del club, logró el cuarto puesto de la primera fase, permitiendo así que Gimnasia juegue nuevamente el Torneo Súper 8, pero nuevamente fue eliminado en el partido inicial, esta vez frente a Obras.

El rival de la final nacional fue Quimsa, que logró quebrar la localía en el sexto juego y se consagró campeón, dejando a Gimnasia Indalo en el segundo puesto, clasificándose así por primera vez a la Liga de las Américas.

Justamente fue en el año 2017 fue contratado como entrenador por su último "verdugo", San Lorenzo de Almagro.

En 2005 fue el entrenador del seleccionado sub-21 para el Mundial de ese año disputado en Argentina, finalizando en el sexto puesto.