En junio de 2017, se convirtió en entrenador del FC Liefering junto a Janusz Góra.

En la temporada 2018-19, se hizo cargo por completo de Liefering, pero decidió marcharse en enero para concentrarse en obtener su UEFA Pro Licence.

Fue ayudado por Wigan Athletic que sufrió una quita de 12 puntos por problemas administrativos.

Para la temporada 2020-21, Struber se esforzó por conseguir un equipo estable, ya que no quería volver a estar en la zona de descenso y tenía objetivos ambiciosos para el futuro del club.

[5]​ El austríaco hizo su debut como entrenador para el club en una derrota por 3-2 contra el Columbus Crew el 21 de noviembre.

[6]​[7]​ El austríaco enfrentó una mala racha cuando el equipo comenzó la temporada 2023 con una victoria, cuatro derrotas y seis empates en los primeros once juegos, además de mantener a Dante Vanzeir en un partido contra los San Jose Earthquakes después de que el jugador usó un racial insulto contra el jugador del rival, Jeremy Ebobisse.