Fresenius nació en Fráncfort del Meno, estudió medicina en las universidades de Heidelberg, Wurzburgo y Giessen, y en 1829 obtuvo su doctorado en la última institución nombrada.Posteriormente se radicó en Fráncfort del Meno, donde trabajó toda su vida como médico general, aunque nunca abandonó su interés por la botánica.Cuando estudiaba en Heidelberg y a posteriori aprendió botánica con su amigo George Engelmann (1809-1884), que más tarde se convirtió en un reconocido botánico germano-estadounidense.Con su discípulo Heinrich Anton de Bary (1831-1888) realizó estudios de algas y hongos con el microscopio óptico.Además, dictó conferencias en la Universidad de Fráncfort Johann Wolfgang Goethe y realizó excursiones botánicas.
Georg Engelmann (1809-1884), médico, botánico y meteorólogo amigo de Fresenius.
El Museo de Historia Natural Senckenberg alberga el Instituto de Investigación del mismo nombre.
Heinrich Anton de Bary (1831-1888), discípulo y colaborador de Fresenius.
