Debido al carácter abierto de La Frikipedia, padeció ataques vandálicos como cualquier otro sitio basado en wiki.
Aunque las políticas seguidas por Frikipedia eran bastante permisivas, sus administradores eliminaban cualquier artículo que no cumpliera con los requisitos establecidos y bloqueaban a los usuarios que cometían vandalismo.
Tras el cierre de la web se puso en marcha una campaña en apoyo a La Frikipedia.
El caso más sonado fue, probablemente, nuestro litigio con la SGAE; pero a lo largo de nuestra andadura, sobre todo en los últimos años, hemos sufrido denuncias y amenazas prácticamente cada semana.
No obstante, en ocasiones su contenido podía llegar a ser simpático, pero siempre cómico.
Otros artículos afirmaban que «la Pepsi está formada por deuterio» y "los submarinos vienen en varios colores, amarillo entre ellos, pero téngase cuidado con ellos, especialmente si se mojan".