Más tarde fue trasladado al Seminario de Bilbao, donde permaneció seis años en calidad de formador y cinco más como rector del centro.

Con 40 años se fue a Barcelona, en concreto a Sant Cugat del Vallès, donde realizó la tesis doctoral en Teología bajo la tutoría de José Ignacio González Faus.

También dio clases en la Facultad de Teología del Norte de España en Vitoria, así como en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA) en San Salvador.

Su interés ha estado fundamentalmente centrado en dar respuesta teológica a las preguntas que surgen no tanto en los ámbitos académicos, como en las realidades pastorales, así como en las comunidades cristianas, donde la gente se plantea preguntas en relación con su fe.

A Javier Vitoria le ha gustado siempre trabajar en la frontera.