Estuvo dos años en ese equipo y otros dos en el CO Le Puy antes de regresar al SC Bastia en 1987, donde se retiraría en 1990.

Logró llegar a la final de la Copa de la Liga,[1]​ que perdió ante el París Saint-Germain (1-2), y obtuvo la permanencia en la Ligue 1 al finalizar 15.º, posición que repitió al año siguiente.

En 1998, dio el salto a Japón, entrenando al Gamba Osaka de la J. League durante un año.

[4]​ Bajo la dirección de Antonetti, el conjunto corso recuperó la tranquilidad y se mantuvo cómodamente en la máxima categoría del fútbol francés en dos temporadas (10.º y 8.º), pero el técnico decidió abandonar la entidad en 2001 en busca de mayores desafíos.

[7]​ El conjunto verde terminó obteniendo la permanencia (fue 13.º con 46 puntos) y mejoró al 9.º puesto en la temporada siguiente.

Volvió a conseguir buenos resultados en la Ligue 1 2007-08, obteniendo la 8.ª posición, para caer hasta la 9.ª en el curso siguiente.

[13]​[14]​ Tras terminar en 9.ª plaza en la Ligue 1 2009-10, el conjunto rojinegro dio un salto de calidad y luchó por las primeras posiciones en la temporada 2010-11, aunque finalmente tuvo que conformarse con la 6.ª posición, situación que se repitió en la Ligue 1 2011-12.

[16]​ El equipo bretón atravesó una mala racha resultados en la segunda parte del campeonato, por lo que el entrenador decidió no continuar en el club al término de la temporada,[17]​ siendo relevado por Philippe Montanier.

[22]​ En la recta final de la temporada, el equipo francés encadenó 6 victorias consecutivas que alejaron definitivamente el descenso y lo acercaron a las posiciones europeas.