Johannes Flüggé, (latinizado "Flueggé", 22 de junio de 1775 Hamburgo-28 de junio de 1816) fue un médico, botánico, y profesor universitario alemán.
Estudió medicina e historia natural en las Universidades de Jena, Viena y de Göttingen, y en 1800 recibió un doctorado en la Universidad de Erlangen.
Posteriormente realizó expediciones botánicas por Alemania y Francia.
En 1810, Flüggé estableció el primer Jardín botánico en Hamburgo.
Es recordado por sus estudios en pastos en el género Paspalum.