En total, ese año fue alineado en tres partidos oficiales con el primer equipo.

Fernando Navarro se consolidó como fijo en el once titular durante la primera vuelta de la temporada, hasta que el 15 de diciembre se lesionó gravemente en un partido contra el Sevilla F. C. La lesión en la rodilla izquierda, rotura del ligamiento cruzado anterior con una rotura asociada al menisco externo, le mantuvo alejado de los terrenos de juego prácticamente un año y frenó en seco su progresión.

[2]​ La temporada 2004-05 regresó al Barcelona, donde conquistó la liga, aunque sin apenas entrar en los planes del técnico Frank Rijkaard.

En su estancia en la capital mallorquina jugó un total de 106 partidos en los que anotó 2 goles.

En las campañas siguientes, sin ningún competidor real en su posición, Navarro continuó siendo titular indiscutible en el Sevilla.