Los años siguientes, Canal 13 perdería el liderazgo en telenovelas con mayor audiencia, mientras que Kliche seguía en papeles protagónicos en los elencos estables de la señal, el regreso, a la par, que debutaba como panelista invitado en icónicos shows televisivos del canal como Video loco y Maravillozoo, y como actor en sketches del programa familiar Venga conmigo.

Cuando Canal 13 sufrió la tremenda crisis en todas sus áreas, que dejó sin continuidad su famosa Área Dramática, entre 2000 y 2002, Fernando Kliche se retiraría de las teleseries para dedicarse al proyecto de su amigo, el también actor y comediante, Patricio Torres, Teatro en Chilevisión, segmento semanal de corte humorístico que debido a su éxito, lo tendría por ocho años como parte de su elenco estable.

La última teleserie que haría hasta ese entonces el exgalán Fernando Kliche, sería Buen partido, realizada y producida por la productora Pol-ka Producciones y Chilefilms, transmitida en Canal 13 en 2002.

En 2020 participó en la película Los Turistas All Inclusive junto a Patricio Torres y Ana María Gazmuri.

Kliche tuvo su quinto hijo en Países Bajos producto de una relación con una holandesa.