Anotó sus primeros goles el 27 de noviembre, en una victoria 3-2 como visitante contra Universidad Católica, en la que convirtió por duplicado.

El 2011 tuvo una destacada actuación, por lo que se le otorgó el premio a Mejor Jugador Joven de la temporada.

En todos estos torneos fue incluido en el equipo ideal votado por la Asociación de Futbolistas del Ecuador.

En el mundial sub-20 celebrado en Colombia actuó en todos los encuentros que disputó Ecuador llegando a octavos de final.

Fernando Gaibor fue convocado por Reinaldo Rueda a la selección mayor, pero una lesión le impidió jugar el Mundial 2014.